Η μελέτη αποκατάστασης του καθολικού της μονής των Φραγκισκανών, San Salvatore (16^ος  αιώνας) και του περιβάλλοντος χώρου μελέτησε τα ενδιαφέροντα ιστορικά και  αρχιτεκτονικά στοιχεία, τις οικοδομικές φάσεις, τα ίχνη από το γλυπτό διάκοσμο, τις αλλεπάλληλες χρήσεις του χώρου ως ναού και αργότερα ως τζαμιού, τις ταφές στο εσωτερικό του κτίσματος. Η αποκατάσταση του έγινε με σεβασμό στο κτίσμα και στην ιστορία του τηρώντας αρχές στερέωσης και αναστήλωσης. Το κτίσμα αποδόθηκε σε χρήση και φιλοξενείται η Βυζαντινή αρχαιολογική συλλογή του Νομού Χανίων.